需要根据不同的病因引起的角膜炎而选用不同的滴眼液。细菌性角膜炎，可以选用氧氟沙星滴眼液，或左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。真菌性角膜炎可以滴0.5%的那他霉素滴眼液，或者两性霉素B滴眼液。

而病毒性角膜炎可以滴用0.1%的阿昔洛韦滴眼液，或者更昔洛韦眼用凝胶，也可以滴用0.1%的环孢素滴眼液。有一些角膜炎可以选用糖皮质激素类滴眼液，例如妥布霉素地塞米松滴眼液、氟米龙滴眼液、百力特滴眼液等。