危重症患者肠内营养支持的并发症包括机械性并发症、呼吸道并发症、肠道并发症以及代谢性并发症。机械性并发症包括导管过粗、材料过硬等造成的咽部刺激和黏膜损伤，还有营养管堵塞以及导管移位。呼吸道并发症包括误吸、肺部感染，多发生于昏迷、导管位置以及胃排空不良的时候，尤其是接受食管、胃手术后、解剖结构发生改变的病人。

胃肠道并发症可表现为恶心、呕吐、腹胀、肠痉挛、肠蠕动过强、腹泻、胃潴留等，可能与不适当的营养制品配方选择或者不适当的输注浓度还有速度有关。代谢性并发症包括高血糖、低血糖、酮症高渗性昏迷、电解质紊乱以及营养素缺乏或者过剩等。