肛瘘手术后出现复发的原因有两个：一、手术不完全；二、出现了再次感染的情况。

肛瘘手术的目的是将瘘管以及瘘口切开进行治疗，有些肛瘘症状会表现出两个及两个以上的瘘口，在进行肛瘘手术时如果瘘口切除不完全出现残留的瘘口，这些残留的瘘口很容易受到细菌的感染，再次出现化脓性病变，从而造成肛瘘复发的可能性。

在肛瘘手术后如果患者不注意改善饮食以及生活作息习惯，导致直肠末端再次出现细菌感染或者再次形成肛周脓肿症状，都会导致肛瘘出现复发的现象，所以手术治疗肛瘘并不是一劳永逸的，平时注意控制诱发因素才是关键。