肛瘘手术后的疼痛可能一周左右才能够好，疼痛时间也可能会更长。因为肛瘘是在肛门处所发生的病变，局部的神经非常丰富，所以在手术以后，患者会阴部会有非常明显的疼痛，特别是在术后第一天，麻醉药物代谢结束以后，局部会有非常剧烈的疼痛，需要用一些止痛的药物或者止痛针来对症治疗，这样才能缓解疼痛。

通常2-3天后，局部的疼痛感会逐渐的减轻，一般在术后一周左右，局部的疼痛就会明显缓解，但是在伤口换药的时候，还会引起局部疼痛等不适的症状，要等到伤口完全愈合好以后，局部的疼痛才能够彻底的好转。