自身免疫性甲状腺疾病主要是指慢性淋巴细胞性甲状腺炎，目前还没有特殊的治疗方法。如果甲状腺比较小，又没有明显压迫症状的患者，可以密切随访观察。

对于甲状腺肿大明显，并且伴有压迫症状的患者，可以采用左旋甲状腺素片进行治疗，甲状腺肿可以随之慢慢缩小。如果有甲减的患者，则需要用甲状腺激素进行替代治疗。使用左旋甲状腺素治疗一年，大约有1/3的病人，甲状腺功能可望恢复到正常范围。