真菌性脑膜炎往往是亚急性起病，也可是慢性起病，2周以上就会出现典型的脑膜炎症状，如头痛、恶心、视物模糊等，甚至于出现癫痫、抽搐表现。根据真菌的致病性不同，其临床表现也轻缓不同。如较常见的隐球菌脑膜炎导致的症状相对较轻，经过正规治疗，大部分患者都可彻底治愈。

但是曲霉菌引起的颅内病变，其病情进展较快，抗曲霉菌治疗的药物，如棘白菌素类、伏立康唑，这些药物都可起到较好疗效。