白塞病可以控制，但不能够完全治好（治愈或除根）。由于发病机制和病因不明，目前白塞病发生以后尚没有根治的办法，但可以通过治疗来缓解相应的症状，控制病情的发展。当存在轻度的眼部疾病的时候，需要用一些眼部的眼膏或者滴眼液来缓解眼部的症状，严重的眼病需要激素及免疫抑制剂治疗。口腔溃疡发生以后，可以用糖皮质激素软膏、冰硼散、锡类散以及其它治疗口腔溃疡的药物来进行治疗。
生殖器发生溃疡以后，也需要用1:5000的高锰酸钾溶液清洗，外用抗生素的软膏。发生白塞病需要在急性期来进行支持、对症疗法。目前白塞病的全身治疗，包括糖皮质激素的使用以及免疫抑制剂的使用，需要在医生的严格监测下进行。白塞病一般预后良好，多数情况下，不会危及患者的生命，少数患者可能发生比较严重的并发症，预后不佳。"