新生儿患脑膜炎如果治疗不彻底，会遗留一系列的后遗症，常见的后遗症包括：

第一、会导致新生儿脑积水形成，发生脑膜炎以后会引起脑细胞的损伤以及脑脊液循环的障碍，尤其是脑脊液循环障碍最容易引起脑积水的发生，需要及时的去除脑积水，否则会引起新生儿颅内压增高。

第二、还会引起新生儿智力低下，因为新生儿的脑膜炎会损伤大脑神经，大脑神经受损以后就会引起智力的明显下降，还有可能出现偏瘫等。

第三、还会导致新生儿出现癫痫等症状，因为新生儿脑膜炎以后会引起大脑出现异常放电，会出现癫痫症状的发作，而且容易复发。