天生巨细胞病毒是根据巨细胞病毒感染的时间，分为先天性的巨细胞病毒感染，围产期感染和出生后的感染。

先天性的感染是指生后3周以内从新生儿尿液中标本分离到巨细胞病毒者。宫内传播是最重要的传播途径，母亲原发感染，再次感染不同病毒株，以及潜伏感染病毒激活等，均可引起宫内的感染，为经胎盘垂直传播途径，发生率约为0.5-2%的活产婴儿，但不同种族之间存在着明显的差异。我国不同的地区研究结果表示发生率为0.23-0.7%，研究还显示大多数先天性巨细胞病毒感染，发生于母亲非初次感染的新生儿10-15%；先天性的巨细胞病毒的感染者，出生时有临床表现，患儿中的50%发生远期后遗症包括，感音性的耳聋，精神发育迟缓，小头；出生时无症状表现者的感染者，10%发生感音性的耳聋，约为5%发生认知障碍。