小肠溃疡的治疗，要根据其临床类型来判定。小肠溃疡分为特异性小肠溃疡和非特异性小肠溃疡两大类。特异性小肠溃疡比较常见，如肠结核、伤寒、克罗恩病、肠血吸虫病、肠淋巴瘤、放射性小肠炎。

非特异性小肠溃疡较少见，对非特异性小肠溃疡常常有不良服药史，针对有可疑药物摄入者，应停用药物，或者调整剂量，给予硫糖铝减轻肠道炎症，有助于愈合的溃疡。米索前列腺素醇，能有效防治非甾体抗炎药引起的胃肠黏膜损伤，也可选用，甲硝唑具有一定抗炎作用，也可选用。出现消化道出血时，选用垂体后叶素、生长抑素控制止血。非特异性小肠溃疡有自限性，预后相对比较好。

但弥漫性小肠溃疡，预后比较差，并且没有特效药物，也没有大宗病例的报道，提倡无麦胶饮食，对有水电解质紊乱，营养不良，给予积极的营养支持治疗，重者进行胃肠外营养，糖皮质激素有一定效果，但远期疗效有待评价。对于有肠穿孔和大出血时，内科治疗无效，给予手术治疗。总体来讲弥漫性小肠溃疡预后不佳，随病情进展可发展成T细胞淋巴瘤。