急性气管炎和支气管炎的病因，最常见的是各种不同类型致病菌导致的急性气管炎和急性支气管炎。从经验性抗感染治疗的疗效分析，导致急性气管炎和急性支气管炎的致病菌中，可能以衣原体、支原体的发生率比较高。其次，可能是革兰氏(+)球菌，少数革兰氏(-)杆菌。在各种感染导致急性气管炎和急性支气管炎的病因中，除了衣原体、支原体、细菌感染导致的以外，过敏参与导致急性气管炎和支气管炎的病人也比较多。

因此，在抗感染治疗的同时，必要的时候要联合抗过敏的药物，才能使急性气管炎和支气管炎的临床症状得到缓解。遗憾的是临床对急性气管炎和支气管炎的患者，很难获得病原学的诊断依据，大多数情况下都是经验性的抗感染治疗。因此，即便分析以上的可能性，临床很难拿到确凿的证据。有限的临床资料也显示导致急性气管炎和支气管炎的病因中，应该是各种病原菌导致感染的病因是第一位，过敏是第二位，各种理化因素刺激可能是第三位。