肝多发血管瘤的病因尚不是特别明确，主要考虑是因为先天性的发育异常而导致的。因为肝血管瘤主要是血管的畸形生长，先天性的发育异常会导致血管生长成团，从而形成血管瘤。

也有的认为是肝内毛细血管在受到感染以后，出现变形增生而形成的毛细血管团，又称为肝脏海绵状血管瘤，致使血管呈海绵状扩张从而形成的。也现在目前认为雌激素是血管瘤的致病因素之一，不仅会有可能增加血管瘤发生的概率，也有可能会刺激血管瘤的增生，特别是血管瘤在女性是更为多见的，考虑与雌激素是密切相关的，包括体内的雌激素水平、孕激素水平，都可导致血管瘤的生长，也包括外服的一些，比如说口服避孕药或者口服的雌激素的药物，进行其他疾病治疗，也是诱发血管瘤发病率以及增大的一个重要的因素。所以如果有肝多发的血管瘤要注意这些方面地避免，尽量避免一些口服的避孕药。此外也要注意女性的青春期或者怀孕的时候，也容易诱发肝血管瘤，或者说导致肝血管瘤的增大的可能性。目前主要针对肝血管瘤的病因，尚不是特别明确。