肾门的结石特别是体积比较大的，位于肾门附近的结石，要谨慎使用体外冲击波碎石。因为肾门周围有大量的肾脏血管，如果大剂量，或者高能量的体外冲击波碎石，有可能造成出血性的疾病，所以一般不推荐肾门结石做体外的碎石。更多的时候根据泌尿系CT平扫的结果，结合肾门结石的大小、形态，有没有合并积水和感染，来综合地选用做微创的手术进行治疗。

微创的手术一般是两大类，第一大类是目前最为推崇的，做输尿管的软镜，将一个软的镜子经过尿道，输尿管置入肾盂，来处理肾门部分的结石，这样创伤较小。缺点是花费比起经皮肾镜来要略微高一些。第二种微创的手术就是经皮肾镜，也就是在腰背部打眼，进入肾脏，再处理肾门部分的结石。这种方法比较简便快捷，但缺点是创伤要比输尿管软镜大。两种方法做完之后，都需要在输尿管内留置支架管，一般叮嘱患者在术后1个月左右，拔除输尿管支架管。