慢性萎缩性胃炎患者治疗原则是消除病因、增加胃黏膜防御、改善胃动力、预防胆汁反流、改善和预防胃癌发生。HP(幽门螺杆菌)阳性的慢性萎缩性胃炎患者，目前倡导四联治疗方案，即一种质子泵抑制剂(PPI)+两种抗生素+一种铋剂，疗程14天。常用PPI药物，比如泮托拉唑、兰索拉唑、埃索美拉唑、奥美拉唑等。抗生素，比如克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑、喹诺酮类抗生素、四环素等。铋剂，如胶体果胶铋、枸橼酸铋钾等。

胃黏膜糜烂或有反酸、胃灼热、上腹部痛症状为主的患者可适用于质子泵抑制剂、H2受体拮抗剂，如雷尼替丁、西咪替丁等，或者使用抗酸剂，如铝碳酸镁制剂、硫糖铝等。伴胆汁反流的慢性萎缩性胃炎的患者，可考虑选用有结合胆酸作用铝碳酸镁制剂，有早饱、上腹饱胀、胆汁反流者可用多潘立酮、莫沙必利等，其他药物治疗，可以给予消化酶制剂，缓解消化酶不足导致的腹胀等症状，推荐餐中服用。