目前认为鼻咽癌的发生与遗传、病毒以及环境因素等有关。

遗传因素：鼻咽癌患者具有种族以及家族的聚集现象，如侨居国外的中国南方人后代，仍然保持较高的鼻咽癌发病率，决定人类白细胞抗原的某些遗传因素，和鼻咽癌的发生发展也密切相关，EB病毒感染，鼻咽癌患者血清中检测到EB病毒的抗体，并且抗体的水平随病情的变化而波动，鼻咽癌活组织中有EB病毒DNA特异性病毒、mRNA或者基因表达产物，证实EB病毒在鼻咽癌发展中的重要作用。但是EB病毒的感染广泛存在于世界各地的人群，而鼻咽癌的发生有明显的地域性，说明EB病毒感染并非是鼻咽癌致病的唯一因素。

环境因素：鼻咽癌高发地区的大米和水中微量元素镍含量较低发地区的高，鼻咽癌患者头发中的镍含量也很高，动物实验证明镍可以促进亚硝胺诱发鼻咽癌，维生素的缺乏和性激素的失调也可以改变黏膜对致癌物的敏感性。