伤寒最常见的部位是回肠下端。伤寒杆菌通过胃肠道进入体内，未被胃酸杀死的部分伤寒杆菌，可以到达回肠下端，穿过黏膜上皮细胞，侵入回肠集合淋巴结，被单核吞噬细胞吞噬形成初发的病灶，进一步侵犯肠系膜淋巴结，经胸导管进入血循环，形成第一次菌血症。

伤寒杆菌被吞噬细胞吞噬后可以繁殖，再次进入血循环，形成第二次菌血症，可经肝、脾、骨髓、皮肤等进行播散。在胆道内大量繁殖的伤寒杆菌随胆汁排出到肠道，一部分经过肠道黏膜再次侵入肠道淋巴结，使预先致敏的淋巴组织，发生更严重的炎症反应，可以引起溃疡。

当坏死或溃疡累及血管时，就可以引起肠出血，当溃疡侵犯小肠的肌层或浆膜层时，就可以引起肠穿孔。伤寒是由伤寒杆菌引起的一种肠道的传染病，临床特征为持续发热、表情淡漠、相对缓脉、玫瑰疹、肝脾大和白细胞减少等。