疟疾主要通过蚊虫叮咬传播。疟疾的传播媒介为雌性按蚊，经叮咬人体传播。少数病例可因输入带有疟原虫的血液或经母婴传播。母婴传播的疟疾为先天性疟疾或经胎盘传播的疟疾。疟疾患者和带疟原虫者为疟疾的传染源。人对疟疾普遍易感，感染后虽可获得一定程度的免疫力，但并不持久，再次感染同种疟原虫，临床症状轻微，甚至可无症状。

当来自非疟疾流行区的人员感染疟原虫时，临床症状较严重。各型疟疾之间无交叉免疫。疟疾主要流行于热带和亚热带，其次为温带。与按蚊的生活及繁殖环境密切相关。间日疟的流行区最广，恶性疟主要流行于热带，三日疟和卵形疟相对少见。我国云南和海南两省为间日疟及恶性疟混合流行区域，其余地区主要以间日疟流行为主。热带地区全年均可发病，其他地区发病以夏秋季较多。