霉菌性的食管炎，常见的并发症是食管出血、穿孔、食管狭窄、食管气管瘘或者出现播散性的念珠菌病等并发症。霉菌性食管炎多由念珠菌引起，临床上常会出现吞咽困难，伴有吞咽痛、上腹部不适、胸骨后的疼痛和烧灼感。比较重的患者在胸骨后会出现刀割样的绞痛，甚至放射至背部，酷似心绞痛。

念珠菌性的食管炎可发生严重的出血，一旦发现要考虑是否有真菌和病毒的混合感染，以及凝血机制异常或者血管食管瘘。没有经过治疗的患者会有上皮的脱落、穿孔，甚至导致播散性的念珠菌病。食管穿孔以后还会引起纵隔炎、气管食管瘘和食管狭窄等多种问题。

对于有持续高热的粒细胞减少的患者，还要检查有无皮肤、肝、脾、肺等导致的播散性急性念珠菌病。出现真菌性食管炎，最常见的疾病是艾滋病，艾滋病的患者因为免疫力低下，往往容易并发多种感染。