急性细菌性痢疾典型的病程，在肠镜下可见初期为急性卡他性的炎症，随后出现特征性的假膜性炎症和溃疡，最后愈合。肠黏膜的基本病理变化是弥漫性的纤维蛋白渗出性炎症，早期可见点状出血。病变进一步的发展，肠黏膜上皮形成浅表坏死，表面上有大量的脓性分泌物，渗出物中有大量纤维素与坏死组织、炎症细胞、红细胞，以及细菌一起形成特征性的假膜。大约一周假膜开始脱落，形成大小不等、形状不一的地图状的溃疡。

慢性菌痢会出现肠黏膜水肿和肠壁增厚，肠黏膜溃疡不断地形成和修复，导致瘢痕和息肉形成，少数患者会出现肠腔狭窄。菌痢的病理变化主要发生在大肠，以乙状结肠和直肠为主。严重的患者，可以波及整个结肠和回肠末端。所以，患者常出现发热、左下腹痛，以及黏液脓血便，常常伴有里急后重感。