胰腺囊肿的最佳治疗方法就是手术治疗。胰腺囊肿分为胰腺假性囊肿，先天性胰腺囊肿和潴留性的囊肿。胰腺假性囊肿如果没有症状，经检查过以后也排除恶性的因素，可以暂时不进行手术治疗。但是一旦胰腺囊肿的性质不确定，或者出现并发症，则要进行外科手术治疗，常用的是内引流术。如果囊壁成熟后6周以上可以做内引流术。因为外引流术目前副作用比较多，并且容易引起囊肿的破裂，应用比较少。如果囊肿比较小或者内外引流效果都不好，可以进行囊肿的切除术。

先天性的胰腺囊肿比较罕见，如果是单纯性的先天性胰腺囊肿，首选的是手术治疗。对于胰腺体尾部的囊肿进行胰体尾切除术，或者单纯的囊肿摘除术，但由于病人多是婴幼儿，要尽量保留脾脏。第三潴留性的囊肿临床上最常见，是后天获得的胰腺真性囊肿，多是由于胰管阻塞，比如急慢性的胰腺炎，胰管外的压迫，或者胰管内的阻塞，如结石、寄生虫、炎症等因素。治疗方法也是首选手术切除。