会厌囊肿不需要口服药物来进行治疗，小的会厌囊肿多数没有症状，偶尔是在喉镜检查时发现，少数病例可能会有咽内的异物感，而较大的会厌囊肿可能有咽喉的阻塞感，而继发感染时可以有疼痛，严重肿大的会厌囊肿有时阻塞声门可能会引起呼吸困难。

出现上述情况，建议前往当地医院的耳鼻喉科门诊就诊，尤其是继发感染的会厌囊肿，如果影响呼吸，必要时一定要全身应用抗感染药物治疗，首选药物有青霉素类如阿莫西林或者是头孢类的注射针剂，同时一定要全身应用糖皮质激素如甲强龙来控制感染，减轻局部的肿胀，必要时可能需要急症进行会厌囊肿的切除，从而减轻呼吸困难的表现，避免患者出现窒息等威胁生命的情况。

而部分患者会有明显的异物感，同时查出有会厌囊肿，尤其是比较大的会厌囊肿，可以考虑在全麻下支撑喉镜下行会厌囊肿的切除，将囊壁大部分咬除，同时用激光气化会厌囊肿的囊壁以防止术后过快复发。