确诊血吸虫病的直接依据，是在粪便内检查到，血吸虫的虫卵和孵出的毛蚴。一般急性期检出率较高，而慢性和晚期患者阳性率不高，常用改良加藤厚涂片法和虫卵透明法检查虫卵。除了进行粪便的虫卵检测以外，还可以经过免疫学的检测方法来确诊。免疫学检测方法较多，而且敏感性与特异性较高。微量采血操作方便，但由于患者血清中的抗体在治愈后持续很长时间，因此，本方法不能区分是既往感染还是现症感染，并且有假阳性、假阴性等缺点。

近年来，采用单克隆抗体检测患者循环抗原的微量法有可能作为诊断和考核疗效的参考指标。血吸虫患者的血常规有典型的改变，急性期以嗜酸性粒细胞显著增多为主要特点。白细胞总数在10×10^9/L以上，嗜酸性粒细胞一般占20%-40%，最多可达90%以上。慢性患者嗜酸性粒细胞一般轻度增多，在20%以内，而极重型的血吸虫病患者常不增多，甚至消失。晚期患者常因脾功能亢进，会引起红细胞、白细胞及血小板减少。