胃肠炎的患者多数是急性起病，少数起病比较缓慢，临床表现轻重不一。以胃肠道症状最为突出，常出现食欲缺乏、恶心呕吐、腹胀、腹痛、腹泻，可伴有里急后重，腹泻次数多则十几次、二十几次甚至不计其数，粪便多呈水样便，也可出现黏液便、脓血便，分泌性的腹泻一般不出现腹痛，如果是侵袭性腹泻，多会有腹痛的症状，常常伴有畏寒、发热、乏力、头晕等不适。

病情严重的患者，因为大量地丢失水分，还会引起脱水、电解质紊乱，比如低钠血症、低钾血症、低磷血症等，甚至会出现休克表现，患者四肢湿冷、血压下降、脉搏细数、面色苍白，病程一般数天到1-2周，常常有自限性，少数患者可以有复发，超过14天的腹泻，称为慢性胃肠炎。不同细菌所导致的临床类型不同，部分患者还可能是病毒、真菌、寄生虫等感染引起。