筛查原发性肝癌简单有效的方法是进行甲胎蛋白血清学检查，血清甲胎蛋白是当前诊断肝癌和疗效监测常用的重要指标。

当血清甲胎蛋白≥400μg/L时，如果排除妊娠、慢性肝病或者活动性肝病、生殖腺胚胎源性的肿瘤以及消化道肿瘤以后，高度提示可能患有原发性肝癌如果甲胎蛋白大于400μg/L，持续4周或者在200-400μg/L持续8周，结合影像定位检查，可以诊断肝癌。

血清甲胎蛋白轻度升高，应做动态观察，并且与肝功能变化进行对比分析，有助于诊断。连续2个月检查甲胎蛋白3次以上，如果含量都在50-200μg/L之间，称为甲胎蛋白低浓度持续阳性，观察到一年内，肝癌发生率为10.46%。

血清甲胎蛋白异质体异常的凝血酶原以及血浆游离微小核糖核酸，也可以作为肝癌早期诊断的标志物，特别是对于血清甲胎蛋白阴性的人群有比较好的辅助意义。