结核治疗全程分为6个月，这6个月会分为2个阶段，即2个月的强化期和4个月的巩固期。初治患者的定义是既往未接受抗结核治疗，或正在接受标准化方案用药而治疗短于疗程者，以及不规则化疗不足1个月的患者。初治病例标准化治疗方案分为2个阶段，即2个月的强化期和4个月的巩固期治疗，如新涂阳肺结核患者治疗到2个月痰菌检查仍为阳性者则应延长1个月的强化期治疗，继续期化疗方案不变。

化学治疗是现代结核病最主要的基础治疗，简称化疗，其他治疗方法如对症治疗、手术治疗等均为辅助治疗，化疗的目标不仅仅是杀菌和防止耐药性的产生，而且在于最终灭菌、防止和杜绝复发。当前国际公认的化疗原则是早期、联合、适量、规律、全程。化疗药物按结核药物效率和不良反应分为两类，一类是抗结核药，治疗效果好，不良反应少，如链霉素、异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇。二类是抗结核药效率或者安全性不如一线药物，在一线药物耐药或者有不良反应时选用。