儿童急性结膜炎可由细菌或病毒感染所导致，不同类型的病原体，病程也不相同。

急性细菌性结膜炎通常发病及潜伏期在1-3天，两只眼可以同时发病或者先后发病。发病3-4天时，急性结膜炎的症状通常表现为最重，在这之后症状逐渐减轻，病程通常<3周，多由金黄色葡萄球菌、肺炎双球菌和流感嗜血杆菌导致。

肺炎双球菌性结膜炎潜伏期通常为2天，结膜充血脓性分泌物等症状，在2-3天可以达到最重。流感嗜血杆菌是儿童细菌性结膜炎的最常见病原体，潜伏期在24h左右。症状在3-4天可以达到高峰，给予对应使用抗生素治疗后，7-10天症状可以消失。

腺病毒性角结膜炎，也是儿童常见的急性结膜炎，可以分为流行性角结膜炎和咽结膜热，流行性角结膜炎发病急，48h可以出现结膜充血、水肿等症状。发病数天后，角膜可以出现上皮的损害，流行性角结膜炎最长持续3-4周。咽结膜热多见于9岁以下的儿童，病程通常在10天左右，有自限性。