巧克力囊肿手术，一般是进行囊肿的剥除手术。术后复发率比较高，大约为40%。为了预防复发，一般术后建议尽早妊娠，或者使用药物减少复发。

妊娠是一种预防复发比较有效的方法，同时也可以完成患者的生育意愿。使用药物和子宫内膜异位症的药物治疗方法相同，多选择口服避孕药、孕激素，或者使用促性腺激素释放激素激动剂，也就是GnRHa。有些患者也可以选择宫内放置左炔诺孕酮宫内节育系统，来进行预防子宫内膜异位症、巧克力囊肿的复发。

但仍然有一些患者，在使用药物的过程中，存在复发的情况。对于子宫内膜异位症、卵巢巧克力囊肿术后复发的几率，和子宫内膜异位症的分期有明显的相关性。所以，术后应根据患者子宫内膜异位症的严重程度来进行选择。对于严重的患者，一般建议给予促性腺激素释放激素激动剂GnRHa治疗，等到6个月以后停药，之后使用短效口服避孕药长期治疗，能够有效降低复发的几率。