脓毒症很危险，属于严重的血液感染，常常可以引起患者死亡。脓毒症预后因免疫状态、病原菌种类、有无并发症而不同，病死率为30%-40%。肺炎链球菌、溶血性链球菌脓毒血症预后较好，肠球菌脓毒血症病死率为15%-35%。革兰氏阴性杆菌脓毒血症病死率约为40%。医院感染脓毒症、真菌脓毒症病死率为40%-80%。年龄过大、过小，存在着血液病、肿瘤等基础疾病，以及并发昏迷、休克、心内膜炎、DIC等预后极差。

脓毒症需要及时地进行病原治疗以及对症治疗，病原治疗的原则应个体化，重视药动学、药效学，以确保安全有效，根据药物敏感试验选择抗菌药物。在未获得病原学资料前，可以进行经验性的抗菌治疗。严重病例采用降阶梯治疗。经验治疗是根据患者的年龄、原发疾病、免疫状态、可能的入侵途径来推测病原菌的种类，并结合当地病原菌耐药情况，针对性地选择抗菌药物。