亚急性细菌性心内膜炎主要的病原菌是草绿色链球菌，它属于链球菌当中的一种，当链球菌感染到人体内之后，进入人体的血液，血液当中产生对抗链球菌的抗体，这种抗体除可以抵抗链球菌以外，还可以有效地和人体其他组织，进行特异性结合，如和人体的心脏的瓣膜结合，也就引起心脏瓣膜性疾病，临床中叫做风湿性心脏病。心脏的瓣膜和心内膜的同源性非常高，即人体的心内膜延伸到瓣膜位置，就变成了心脏的瓣膜。

如果患者合并有草绿色链球菌的感染，细菌会在人体的瓣膜以及人体的心内膜处滋生，形成赘生物，也就形成细菌性心内膜炎。如果是草绿色链球菌，绝大多数是缓慢致病，也就是亚急性细菌性心内膜炎，如果感染的是金黄色葡萄球菌，这种细菌致病性较强，可能导致急性细菌性心内膜炎。