原发性的肾病综合征最主要的并发症有四种，因为原发性的肾病综合征起始肾脏本身出现大量的蛋白尿，每24h>3.5g，同时血中的白蛋白出现异常，低于30g/L，水肿以及高脂血症，所以并发症和他的临床表现是密切相关的。

第1，急性的肾功能不全，也就是急性肾衰竭，最常见于微小病变，是由于水肿以及大量的蛋白尿造成了肾间质的水肿，从而使肾小管上皮细胞受到损害，或者间质水肿造成了尿液排出不畅造成，疾病恢复以后这种急性肾功能不全就会恢复到正常范围之内。

第2，感染。大量的蛋白尿排出体外，一些有助于身体健康的免疫球蛋白也排出体外，容易造成机体免疫力的下降。

第3，血栓的形成。大量蛋白尿中不但包括免疫球蛋白，还包括一些纤溶蛋白，这些纤溶蛋白和机体的促凝蛋白维持机体处于一个平衡状态。当纤溶蛋白大量的排出体外以后，机体就容易出现血栓的发生。血栓有小的血栓有大的血栓，大的血栓可以危及生命。

第4，脂类的异常。包括高脂血症，蛋白尿，除了免疫球蛋白以及一些有助身体健康的蛋白以外，还有脂肪类的结合蛋白，从而出现了血管内脂肪的代谢紊乱。