患者和隐性感染者是主要的手足口病传染源，主要是通过消化道、呼吸道，和接触患儿的粪便、疱疹液、飞沫、毛巾、茶杯、玩具、餐具、奶瓶以及床上用品等而被传染。人群普遍易感，多见于5岁以下的婴幼儿。肝病的传染性极强，常暴发流行，之后是散发，在散发期间易感者积累到一定数量时又会发生新一轮的大流行，每隔2-3年流行一次。

近年来该病的流行在亚太地区有上升的趋势，该病多发生在夏秋季节。我国2008年5月2日将手足口病列为丙类传染病的管理，患者应该隔离14天。易感人群应该有良好的个人卫生习惯、勤洗手、注意玩具和餐具的消毒，是预防的关键。加强疫情监测，做到早发现、早诊断、早隔离、早治疗。我国已经研制NE71灭活疫苗，即手足口病的疫苗，并已经上市，可用于六个月至五岁的儿童，可接种两次，间隔28天，进行肌肉注射。