尿路感染分很多种类型，其治疗的疗程也是不一样的。如果是非复杂性的膀胱炎，通常使用短程疗法，例如磷霉素单次使用、左氧氟沙星3日疗法、呋喃妥因5日疗法、复方磺胺甲噁唑片3日疗法等。

绝大多数急性非复杂性膀胱炎，经过短程方法治疗后可以转阴。对于非复杂性急性肾盂肾炎，通常先用静脉抗生素进行治疗4-5日，等体温正常以后转为口服药物治疗，通常用1-2周的时间。

对于复杂性尿路感染，特别是重症感染患者，一般的治疗疗程为7-14天，下尿路感染患者疗程通常为7天，而上尿路感染或者脓毒症患者，治疗疗程最少为14天。对于反复发作的尿路感染，发作期按照非复杂性尿路感染进行治疗，而在间歇期建议低剂量、长疗程进行抗菌药物治疗，或者是性生活后单次服用，从而预防疾病反复发作。