子宫内膜异位症患者的主要临床表现有下腹痛和痛经。疼痛是子宫内膜异位症最主要的症状之一，典型的症状是继发性痛经，而且会进行性加重。疼痛多位于下腹、腰骶以及盆腔中部，有时可以放射至会阴部、肛门以及大腿。常常在月经来潮时出现，并且持续整个月经周期，疼痛严重程度和病灶大小不一定成正比。粘连比较严重的卵巢异位囊肿患者，可能并没有明显的疼痛。少数患者可以表现为持续性的下腹痛，在经期明显加重。由于少数患者可以没有痛经症状，因此痛经并不是子宫内膜异位症的诊断标准。

子宫内膜异位症的临床表现，还有不孕症，子宫内膜异位症的患者，不孕的概率会明显增加。另外个别患者还会出现性交的不适，主要在于直肠子宫陷凹，有异位病灶的患者，性交时碰撞或者子宫上皮收缩，引起明显的疼痛。另外还有一部分患者，会出现月经的改变，患者可以有月经量的增多，经期延长或者月经淋漓不尽，或者经前期点滴出血。其他症状主要是盆腔外，有子宫内膜异位病灶的时候，可能会出现局部的周期性疼痛。