出血热的三痛主要是指头痛、腰痛、眼眶痛，这三痛是出血热发热期典型的临床表现。头痛为脑血管扩张充血所致，腰痛与肾周围组织充血、水肿以及腹膜后水肿有关。眼眶痛是眼球周围组织水肿所致，重者可以伴有眼压升高和视力模糊。

除三痛之外，多数患者还可以出现胃肠道中毒症状，如食欲减退、恶心、呕吐，或者腹痛、腹泻，腹痛剧烈者腹部有压痛、反跳痛，容易被误诊为急腹症而行手术治疗。此类患者多为肠系膜局部极度充血和水肿所致，腹泻可带黏液和血，易被误诊为肠炎或者是痢疾。部分患者可以出现嗜睡、烦躁、谵妄或抽搐等神经精神症状，此类患者多数发展为重型。

出血热发热期除全身中毒症状之外，还可以表现为发热、毛细血管损伤以及肾脏损害。发热常在39-40℃，一般体温越高，热程越长，则病情越严重。毛细血管损害征主要表现为充血、出血和渗出水肿征，肾脏损害则主要表现在蛋白尿和镜检可以发现管型等。