反复发作的尿路感染分为发作期和间歇期。发作期在治疗上不同于单纯尿路感染，应该至少给予3-5日的疗程，这样可以降低尿路再感染的发生率，比如常用的药物有磷霉素、呋喃妥因、左氧氟沙星，三代头孢菌素，比如头孢克肟、头孢地尼，还有复方磺胺甲噁唑片等。治愈以后在发作的间歇期应该进行预防措施，比如行为治疗，包括多饮水，碱化尿液，注意性生活卫生，性生活以后及时排尿，解大便以后由前向后擦拭肛门，要注意内裤的卫生清洁，合理休息。

对于反复发作比较顽固的感染者，也可以考虑使用低剂量、长疗程的抗菌药物治疗，比如磺胺类药物当中的复方磺胺甲噁唑片、头孢氨苄、头孢克洛、呋喃妥因，或者是磷霉素，通常每7-10天作为1个疗程，以上所有药物为3-6个月长期服用最佳，并且应该进一步评估病情。

另一种方案是性生活以后单次服用，常用的药包括磺胺类药物，环丙沙星、头孢氨苄、诺氟沙星、氧氟沙星、呋喃妥因，或者是磷霉素，单次服用更有针对性，主要针对的人群是每次性生活以后容易发生感染的人群。而上述小剂量、长疗程的治疗，通常适用于非性生活导致的其他一些诱因发生的反复尿路感染。

对于反复发生上尿路感染的，一般建议是静脉抗生素治疗，同时应该进行细菌培养，针对药敏试验来选择抗生素。静脉用抗生素通常的疗程是7-14天，症状稳定，没有腰痛、发热以后，再改为口服药物继续巩固治疗，口服药物巩固的疗程也可以参照小剂量、长疗程的治疗。