尖锐湿疣大多数会长在生殖器和肛门周围外面的皮肤湿润之处，长在里面比较少见。

男性一般是发生在龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、阴茎部和会阴，少数有时可能会长在尿道里面，或达到尿道深部。尿道里面的尖锐湿疣用肉眼无法识别，一般需要通过膀胱镜辅助检查。女性一般发生在大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、宫颈、会阴及肛周，男性同性性接触的人群一般会发生在肛门及直肠内，极少数的患者还可能发生在肛门生殖器以外的部位，例如口腔、腋窝、乳房或者脚趾缝。皮损初期是单个、多个或成群的淡红色的小颗粒，质地柔软，顶端稍尖锐，所以称为尖锐湿疣，有时很小，以至于肉眼无法辨别，有时需要通过氧乙酸白试验鉴别，或者是借助于皮肤镜鉴别。

皮疹后期会逐渐地增多增大，形态可以是乳头状、菜花状、鸡冠状，或者是蘑菇状，颜色可以是白色的、粉红色，有时表面可能会出现糜烂、渗液、破溃、出血等。