巧克力囊肿也有称作为子宫内膜异位囊肿，多是指子宫内膜异位在卵巢上所形成的囊肿，它作为子宫内膜异位症中最常见的类型，治疗主要分为以下两种：

一、药物治疗：

主要适合于以下的一些人群：

1、巧克力囊肿不大，一般是直径＜4cm；

2、痛经：症状不是特别明显，属于轻、中度痛经；

3、不适合手术或不耐受药物治疗：这些通过药物治疗能够得到控制，在巧克力囊肿增大过程中可以减缓它的生长过程，药物包括有中枢药物，比如抑那通、诺雷得、达菲林等，还有高效的孕激素，比如地诺孕素，还有比较常见的口服短效避孕药。

二、手术方面：

手术多经过微创手术实现，也就是腹腔镜的手术。手术的好处是很准确的清除巧克力囊肿，弊端包括有潜在卵巢功能损害，特别是有生育需求的，或者要保留生育功能的女性，在手术前一定要做卵巢功能评估，以免手术后出现卵巢功能的衰竭，主要适合于以下的一些人群：

1、腹腔镜手术治疗巧克力囊肿主要治疗方法，主要适合于比较大的囊肿，比如＞4cm的囊肿；

2、需要通过腹腔镜手术解除巧克力囊肿从而改善受孕状态；

3、巧克力囊肿短期内增大，不能排除恶性的可能；

4、巧克力囊肿药物治疗无效。

巧克力囊肿作为良性的妇科肿物、良性肿瘤，都有复发的原因是由于雌激素依赖性疾病，在女性体内有一定水平的雌激素的前提作用下，巧克力囊肿都有可能复发。