医生在判断尿道口尖锐湿疣时，通常会结合病史、临床症状以及肉眼所见来判断。如果在尿道口可见肉芽组织增生像菜花一样的特征性的疹形，并且在排尿时有灼热感、疼痛感，或者是出血，且有婚外性伴侣时，医生通常不需要更多的检测就可以确定诊断。如果疣体比较小，用肉眼无法确诊时，也可以通过醋酸白试验来确诊，进行醋酸白试验时要保持局部干净干燥，且保持情绪平稳时进行。醋酸白试验敏感性比较高，但是特异性比较低，对于难以确诊的病例，还可以通过活检后的组织病理检查来帮助诊断。

对于微小的尖锐湿疣，也可以借助皮肤镜检查帮助诊断。对于难以确诊的尖锐湿疣，可取活组织进行病理检查诊断，准确率最高。如果尖锐湿疣靠近尿道口，可以用镊子插入后扩开，用光线照射观看。对于尿道深部的尖锐湿疣，可以借助于膀胱镜检查来观看。