肠结核的感染途径主要有肠源性、血源性和直接蔓延。90%以上的肠结核由人型结核分枝杆菌引起，少数由牛型结核分枝杆菌感染所致，主要是由于饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品而感染。肠源性结核分枝杆菌主要经口感染肠道，如开放性的肺结核或喉结核患者，因经常吞下含结核分枝杆菌的痰液而感染，或经常和开放性的肺结核病人共餐，而忽视餐具的消毒、隔离，使结核分枝杆菌进入消化道，定植于肠道。

肠结核也可由血行播散所引起，主要见于粟粒性肺结核的患者，结核分枝杆菌可经血行定植到肠道，直接蔓延腹腔内，或盆腔内的结核病灶，如结核性的腹膜炎、输卵管结核，直接蔓延引起肠结核。结核病的发病是人体和结核菌相互作用、相互斗争的过程，上述途径仅是致病的条件，只有当侵入的结核菌数量较多、毒力较大、人体的免疫功能低下时，人才会感染肠结核。