主要区别在于以下方面：

1、范围：心律不齐包括窦性心律不齐，心律不齐是统称，其包括窦性心律不齐或室性心律不齐，或由交界区所引发的心律不齐等，其中窦性心律不齐是心律不齐当中的一种。

2、原因：窦性心律不齐是由于窦房结的功能出现异常导致，如由于人体在深呼吸的过程中，或由于交感神经兴奋性异常，导致窦性心律不齐。心律不齐原因很多，除上面原因外，还有可能存在有器质性的疾病，如患者存在冠状动脉粥样硬化性心脏病、高血压、心肌病等，都可以导致心律不齐，但是并不一定导致窦性心律不齐。

3、风险：窦性心律不齐相对来说风险比较小，对人体的损伤也比较小，很多正常人可能都存在窦性心律不齐，但是心律不齐并不是这样。有一部分心律不齐是器质性疾病导致，一旦发生，提示患者器质性的心脏病已经发作，随时可能导致其他器官异常。