目前疟疾疫苗正在研制过程中。目前研制的RTSS疟疾疫苗是一种针对恶性疟原虫的重组抗原，在非洲进行三期临床试验显示该疫苗对儿童和婴幼儿有部分的保护作用。

世界卫生组织计划将于2018年开始在撒哈拉以南非洲进行全球首个疟疾疫苗的试点项目。但有效疟疾疫苗的最终研制成功还存在着诸多的技术问题和理论上的瓶颈。疟疾疫苗的接种与药物干预相结合将有望大大降低疟疾的发病率和病死率。但由于疟原虫抗原的多样性，给疫苗研制带来了很大的困难。

化学药物预防是目前较常用的措施，间断预防性地服药，每周一次，有助于减少高危人群的感染，对高疟区健康人群以及外来人员可酌情选用。成人常用氯喹进行口服治疗，在耐氯喹疟疾流行区可选用甲氟喹，亦可选用乙胺嘧啶或多西环素。孕妇儿童易服用氯喹、甲氟喹，或联合使用两种药物进行预防。