治疗伤寒，副伤寒可以选用第三代喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星以及第三代头孢菌素类抗生素头孢哌酮来治疗。由于氯霉素有很高的耐药性，因此不作为首选。第三代喹诺酮类抗生素目前为伤寒的首选药物。这类药物具有口服吸收良好的特点，在血液、胆汁、肠道和尿路的浓度高，能渗透进入细胞内，可作用于细菌DNA旋转酶影响DNA的合成，发挥杀菌活性，与其他抗菌药物无交叉耐药性。

对氯霉素敏感的伤寒菌株或氯霉素耐药的伤寒菌株，均有良好的抗菌活性。第三代头孢菌素类抗菌药，如头孢哌酮活性强，对伤寒杆菌最小的抑菌浓度通常≤0.25ug/mL，而且胆汁浓度高，不良反应少。尽管有报道显示第三代头孢菌素治疗伤寒的退热时间比第三代喹诺酮类药物稍长，但是在治疗氯霉素敏感的伤寒杆菌、氯霉素耐药的伤寒菌株，以及多重耐药的伤寒菌株，都获得了满意的疗效。治愈率达到90%以上。