伤寒的严重并发症是肠出血和肠穿孔。肠出血为常见的并发症，多见于病程第2-3周，腹泻或饮食不节可为诱发因素，出血量可从大便隐血至大量血便。少量出血可无症状或仅有轻度头晕、脉快，大量出血时体温骤降，脉搏细数并伴有头晕、面色苍白、烦躁、冷汗、血压下降等休克表现。发生肠出血时患者应禁食，绝对卧床休息，根据出血情况酌情输血，如经积极治疗仍有出血者应考虑手术治疗。

肠穿孔为最严重的并发症，多见于病程第2-3周。肠穿孔常发生于回肠末端，表现为突然右下腹剧痛，伴有恶心、呕吐、冷汗、脉细数、呼吸快、体温血压下降，经1-2小时后腹痛及其他症状暂时缓解。不久后可出现腹膜炎的体征，患者可有腹部压痛、反跳痛、肌紧张、肠鸣音消失，腹腔内可见游离液体，X线检查膈下可见游离气体。肠穿孔时应该给予禁食、胃肠减压，必要时进行手术治疗。