一般来说，临床上对于肠系膜淋巴管瘤，主要是采用手术切除的方式进行去除。当肠系膜淋巴管瘤体积比较大的时候，可以引起相关的临床症状，比如压迫肠管引起肠梗阻或者是引起胃肠道不适症状，只能够通过手术切除的治疗，来去除肠系膜淋巴管瘤。

手术切除治疗的方式可以根据瘤体的浸润和生长的情况进行选择，可以采用单纯性的瘤体摘除手术，完整地切除瘤体。有的时候肠系膜淋巴管瘤可能会侵及至小肠系膜的根部，甚至是侵及至横结肠的系膜，这个时候就需要将瘤体劈开，暴露系膜的血管，沿着血管进行分离，将淋巴管瘤进行分块的完整切除。

而对于一些局限性呈浸润蔓延生长的淋巴管瘤，因为肠管和瘤体之间的关系非常密切，无法完全地切除瘤体，这个时候就要连带着肠管和肠系膜进行彻底的切除，然后进行肠道的吻合手术，需要注意的是并不是所有的肠系膜淋巴管瘤，都需要立即进行手术切除的治疗，还是要根据相应的手术指征来选择治疗方式。

当这些淋巴管瘤比较小，患儿没有临床症状出现的时候，可以先观察，并不急需立即的手术治疗。因为有研究发现大概有10%的肠系膜淋巴管瘤，可以发生自行的消退。另外，如果淋巴管瘤并发了感染，也不适合立即进行手术的治疗，需要等感染控制之后，再进行手术治疗。除了手术治疗的方式之外，对于一部分肠系膜淋巴管瘤，可以尝试介入治疗的手段进行处理，可以局部注入硬化剂，使肠系膜淋巴管瘤消退，使患儿免受手术治疗之苦。