早期的肺淋巴上皮瘤样癌的治疗，主要是进行手术切除的治疗，也是治疗早期肺淋巴上皮瘤样癌的主要的治疗手段。如果病人身体状态允许，尽可能地要进行肺叶的切除手术，同时还要清扫周围的淋巴结。

如果病人身体条件不好，必要的时候可以进行肺段的切除，在手术切除之后，早期的肺淋巴上皮瘤样癌的病人，有希望获得生存期明显延长，而对于伴有纵隔或肺门淋巴结转移的中晚期非淋巴上皮瘤样癌的病人，可以在手术之前进行术前的新辅助化疗，使肺门和纵隔淋巴结转移的病变获得控制，从而增加根治性手术切除的概率，起到降低术前分期的作用。

在新辅助化疗之后，如果病变符合手术切除的标准，就可以进行手术切除的治疗。而在手术之后还可以根据病理回报的结果，进行术后的辅助化疗，进一步清除体内残余的癌细胞，晚期的肺淋巴上皮瘤样癌的病人，主要的方式是进行联合的化疗，常常采用以顺铂和5氟尿嘧啶为基础的联合化疗方案，可以取得一定的治疗效果。而以紫杉醇为基础的化疗方案，也能够起到一定的疗效。有的病人在化疗的同时，还可以配合局部的放射治疗。