克罗恩病一般采用内科治疗，克罗恩病的手术适应证为肠梗阻、狭窄，慢性肠穿孔后形成腹腔脓肿、肠内瘘或肠外瘘，长期持续出血，以及诊断上难以排除癌肿、结核者。

以回肠末端克罗恩病为例，手术应切除病变部位，包括近远侧肉眼可见正常肠管3cm，做端端肠吻合。如因粘连严重或局部脓肿形成不能切除，可在病变近侧3cm处切断正常肠管，内翻缝合远侧断端，近侧断端与横结肠行端侧吻合。如有脓肿应切开引流，根据情况再决定以后是否做二期手术切除病变，一般不宜做单纯的病变近远侧肠管侧侧吻合的短路手术。若与周围器官形成内瘘，切除克罗恩病肠管后，周围器官只需做瘘管修补缝合。除非同时患有克罗恩病病变，曾经肠切除术后复发，有单个或多个短的小肠纤维性狭窄，可行狭窄整形术。