病毒性肺炎的临床诊断主要是流行病学、临床症状、实验室检查以及影像学检查，还包括对于抗菌药物治疗后出现的情况。

由于病毒性肺炎缺乏细菌感染的临床特点，而且往往是急性疾病，在起病前期多伴有上呼吸道感染的症状。随着疾病的进展，会合并有细菌感染，从而会出现白细胞计数以及降钙素原水平升高。

在病毒性肺炎的早期，其白细胞计数、降钙素原水平不高，在影像学中可以发现肺段以及肺叶的实变。对于病毒性肺炎的确诊，有赖于病原学的检查，主要是通过病毒的分离培养，另外，逆转录PCR和实时定量PCR，也可以作为首选的检验方法，一般是采取下呼吸道的标本，如支气管肺泡灌洗液，进行病毒抗原检测。对于病毒性肺炎的回顾性诊断，也可以应用血清的特异性抗体来诊断。

同时，病毒性肺炎的诊断还需要排除支原体以及衣原体的感染。