有部分患者通过外涂药膏，尖锐湿疣可以脱落，主要是应用咪喹莫特乳膏或者是鬼臼毒素软膏。

但是大多数患者，还得需要联合物理治疗。常用的物理治疗办法是冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、电离子治疗、微波治疗等。这些物理治疗，是通过直接的破坏作用来清除皮损。当皮损发生在小范围时，也可能不需要手术治疗，如果尖锐湿疣分布广泛，或药物治疗和物理治疗无法去除皮损时，也可以选择手术治疗。手术治疗成功与否，与尖锐湿疣的数量有关，当数目较少且体积较小时，手术成功率更高，需要额外治疗的可能性也更小。

不过手术后一般需要继续的药物治疗，另外手术也可能会增加尖锐湿疣扩散的概率。因此患者在手术前，应当充分地和医生探讨可能的收益和风险，做出最佳的选择。