肥厚型心肌病的药物治疗方法是基础，针对流出道梗阻的药物主要有β受体阻断剂和非二氢吡啶类钙通道阻滞剂。

如果出现充血性心力衰竭，则需要采用针对性地处理，对于房颤病人需要抗凝治疗。对于胸闷不适的病人，在使用硝酸酯类药物时需要注意，避免因为流出道梗阻而使病情加重。药物治疗有以下三方面：

第一是减轻左心室流出道梗阻，β受体阻断剂是梗阻性肥厚型心肌病的一线治疗用药，可以改善心室松弛，增加心室舒张期充盈时间。非二氢吡啶类钙通道阻滞剂，也具有负性变时和减弱心肌收缩力的作用，可以改善心室的舒张功能。

第二是针对心力衰竭的治疗，疾病后期若出现左心室扩大、左心室收缩功能减低和慢性心功能不全的临床表现，常用的药物和其他原因引起的心力衰竭相同，包括ARB、β受体阻断剂、ACEI、利尿剂、醛固酮受体拮抗剂等，甚至地高辛也可以使用。

第三是针对房颤的治疗，肥厚型心肌病最常见的心律失常是房颤，发生率达到20%，胺碘酮能够减少阵发性房颤的发作。对于持续性房颤，可给予β受体阻滞剂来控制心室率。