巧克力囊肿患者出现疼痛，首选的治疗是手术治疗，对于子宫内膜异位症的患者，如果没有附件区包块可以首选药物治疗，但是如果存在附件区包块，也就是存在巧克力囊肿，首选的治疗是手术治疗，手术治疗一般需要存在手术指征，包括以下：

1、卵巢子宫内膜异位囊肿直径大于等于4cm。

2、合并不孕。

3、痛经药物治疗无效。

手术以腹腔镜为首选，但手术后症状复发率比较高，在手术之后，应该辅助药物治疗并长期管理，可根据病情选择一线或二线药物，用于术后治疗以减少卵巢子宫内膜异位囊肿和疼痛复发。但停药后症状常会很快再出现，在临床上一般建议患者在手术之后，进行促性腺激素释放激素激动剂的注射，这样可以延缓复发。

对于巧克力囊肿，也就是子宫内膜异位症，不管做不做手术，复发的概率都比较大，所以一定要做好心理准备，并不是一次手术就可以解决问题，要进行长期的管理。